Heydər Əliyev Fondu 2004-cü ildə qeyri-hökumət, qeyri-kommersiya təşkilatı kimi yaradılıb. Fondun icraçı orqanı Prezidentdir. Fondun Prezidenti ölkə prezidentinin xanımı, UNESCO və İSESCO-nun xoşməramlı səfiri, millət vəkili Mehriban Əliyevadır. Fondun işinə bilavasitə rəhbərlik etmək üçün İcraçı direktor vəzifəsi təsdiq olunub. Fondun nəzdində Ekspert Şurası fəaliyyət göstərir ki, onun da əsas məqsədi qəbul olunan qərarların böyük səmərəliliyini və effektliliyini təmin etməkdən ibarətdir.
Heydər Əliyev Fondunun məqsədləri elm, təhsil, mədəniyyət, səhiyyə, idman, ekoloji sahələrə aid proqram və layihələr hazırlayıb həyata keçirmək, respublikanın və xarici ölkələrin fondları, QHT-ləri, ictimai təşkilatları ilə əməkdaşlığı genişləndirmək, onlarla birgə layihələr həyata keçirmək, Azərbaycan mədəniyyətinin geniş təbliği, sağlam mənəvi dəyərlərin qorunması ilə bağlı aparılan işlərə kömək etməkdir.
Heydər Əliyev Fondunun məqsədləri elm, təhsil, mədəniyyət, səhiyyə, idman, ekoloji sahələrə aid proqram və layihələr hazırlayıb həyata keçirmək, respublikanın və xarici ölkələrin fondları, QHT-ləri, ictimai təşkilatları ilə əməkdaşlığı genişləndirmək, onlarla birgə layihələr həyata keçirmək, Azərbaycan mədəniyyətinin geniş təbliği, sağlam mənəvi dəyərlərin qorunması ilə bağlı aparılan işlərə kömək etməkdir.